12년 전, 캔자스의 한 마을인 스몰빌에 큰 유성들이 비처럼 떨어져 많은 마을 사람들이 다치는 사고가 발생한다. 조나단 켄트와 그의 부인인 마사 켄트는 유성이 떨어진 옥수수밭에서 파괴된 우주선과 갓난 아기를 발견하고, 아기를 몰래 데려와 키우기로 한다.

세월이 흐르고 클라크 켄트라는 이름을 가지게 된 옥수수밭의 아기는 소년으로 자라난다. 사춘기를 지내면서 클라크에게는 이상한 일이 생기기 시작하는데, 자신도 모르는 거대한 힘이 솟아났던 것이다. 그것이 신비한 크립토나이트의 슈퍼파워 때문임을 모르는 클라크는 자신이 남과 다르다는 사실을 깨닫고 남 몰래 고민에 빠진다.

한편 라나 랭은 학교에서 가장 인기 있는 여학생. 소심한 클라크는 그녀를 좋아하면서도 아무 말도 못하고 멀리서 지켜보기만 할 뿐이다. 게다가 그는 유성이 쏟아질 때 사망한 라나의 부모님 때문에 죄책감까지 갖고 있다. 이 사실을 모르는 라나는 클라크를 보고 그저 알 수 없이 끌리는 애라고만 느낄 뿐인데...