도쿠가와 이에야스가 일본 전토를 통일한 17세기 초반 일본. 400년 전부터 인간의 능력을 초월한 인술을 지닌 닌자, 시노비들을 길러낸 이가 집안과 코가 집안은 막부로부터 지령을 받는다. 그것은 두 집안에서 각자 다섯 명의 닌자를 뽑아 살아남는 자가 차기 쇼군을 결정한다는 것이다. 이가의 수장인 오겐의 손녀 오보로와 코가의 수장 단조의 후계자 겐노스케는 사랑하는 사이지만 두 집안은 피비린내나는 싸움에 휘말리게 된다.