어느 날 갑자기, 눈앞에서 원소가 사라지기 시작했다!

2029년, 세계 각지에서 원인을 알 수 없는 원소소실현상이 일어나기 시작한다. 그러자 숲, 논과 밭, 거리, 빌딩, 고대유적은 물론 식물, 동물, 인간 등 모든 지구의 생물과 무생물의 구성물질이 사라진다. 또한 지진과 쓰나미 등 대재앙이 발생하고 지구는 심각한 위기를 맞이하게 되는데…

모든 것은 원소로부터 시작되었다!

그로부터 60년 후. 세계인구는 10분의 1로 감소했으나, 살아남은 이들은 잃어버린 원소의 행방을 밝히는데 성공한다. 그 원소들은 다른 차원의 지구 “네거 어스(nega-earth)”로 흘러간 것이다. 네거 어스에서는 지구의 원소와 결합하여 몬스터가 된 “ＱＥＸ”가 나타나고, 신종 몬스터 QEX와 싸워 이겨야만 원소를 되찾을 수 있다.

미래의 평화는 엘리먼트 헌터에게 달려있다!

연방정부는 위기에 처한 지구를 구하기 위해 네거 어스에 침투할 조건을 갖춘 어린이들을 모아 『엘리먼트 헌터』를 결성한다. 인류의 생존을 걸고 원소회수 미션을 수행하기 위해 네거 어스로 향하는 『엘리먼트 헌터』. 원소에 대한 지식, 지구를 지키려는 용기와 인류에 대한 사랑을 무기로 『엘리먼트 헌터』들은 목숨을 건 미션에 도전한다.