낙천적인 신부 오맬리는 변두리 교구의 세인트 메리 학교에 부임하게 된다. 엄격하고 고지식한 베네딕트 원장 수녀는 오맬리 신부의 자유분방한 성격을 못마땅해하고, 두 사람은 사소한 일에도 의견차이를 보이며 대립한다. 하지만 철거위기에 놓인 학교를 구하려 노력하는 동안, 서로를 조금씩 이해하고 수용하면서 함께 난관을 헤쳐나가게 된다.