평화로운 타츠미야 섬. 하지만 그곳에는 미지의 존재 페스툼에 대항하는 비밀 조직 알비스가 있다. 알비스는 페스툼으로부터 섬을 지키기 위해 L계획을 실행하고, 그 계획을 위해 료와 유미는 파일럿이 되어 파프너에 탑승한다. 두 사람은 두 달간의 임무 끝에 마지막까지 살아남지만, 결국 진화한 페스툼에 의해 목숨을 다한다.
그리고 남은 사람들에게 넘겨진 평화와 싸움. 앞으로 그들의 싸움은 어떻게 될 것인가.