어느 날 하늘에서 내려온 초능력을 갖게 된 짱구(박영남)는 운동회에서 신묘한 기술을 부리며 승리를 거머쥔다. 염력을 이용해 어질러진 장난감과 이부자리를 단번에 정리하니 엄마 미선(강희선)의 잔소리까지 피할 수 있다. 이토록 편리한 초능력의 매력에 푹 빠질 즈음, 짱구에게 잘못 정착한 초능력을 돌려받기 위해 초능력협회 학자가 찾아오고 악의 초능력과 선의 초능력이 길을 잃었다는 사실을 알게 된다. 한편 악의 초능력을 손에 넣은 청년은 피해의식과 자기 연민에 사로잡혀 세상을 향한 강한 복수 의지를 드러낸다. 모든 것을 마음대로 조종할 수 있는 상황 속에서 그는 필터 없이 마음대로 질주한다.
<짱구는 못말려> 시리즈 최초로 3D 제작에 도전한 <신차원! 짱구는 못말려 더 무비 초능력 대결전 ~날아라 수제김밥~>은 7년의 긴 제작 기간을 들여 완성했다. 앞서 3D 극장판을 선보인 <도라에몽: 스탠바이 미> 제작진이 참여했으며, 선례를 바탕 삼아 이 시도가 이질적이거나 낯설지 않도록 균형을 잘 잡았다. 짱구의 흔들리는 볼살을 입체적으로 볼 수 있다는 점도 큰 매력이다. 다만 짱구를 통해 영화가 드러내는 농담과 유머의 방식이 구시대적으로 보이는 한계가 아쉬움을 남긴다.