미래의 지구, 인류는 초자력 병기의 사용으로 인해 파멸하게 되고 소수의 인간들만이 살아남게 된다. 코난은 '홀로 남은 섬'에서 할아버지와 단둘이 사는 자연 그대로의 소년으로, 어느 날 표류해 온 라나를 구해주게 된다. 원래 하이하바 섬에 살고 있던 라나는 태양 에너지의 비밀을 캐려는 레프카에게 쫓겨 도망오게 된 것으로, 처음에는 고향을 그리워하며 괴로워하지만 코난과 할아버지의 배려로 밝은 웃음을 되찾기 시작한다. 그러나, 라나는 다시 레프카 일당에게 붙잡혀 인더스트리아로 끌려가게 되고, 이 와중에 할아버지는 중상을 입어 끝내 숨지고 만다. 코난은 할아버지의 유언에 따라 섬을 떠나 우연히 만나게 된 호적수이자 친구인 짐시와 함께 라나를 구하러 인더스트리아로 가게 되고, 지하에 숨어 사는 반체제 사람들과 함께 레프카를 타도하는데 앞장 서게 되는데...