마일스 모랄레스(샤메익 무어)는 스파이더맨으로서의 슈퍼히어로 생활과 평범한 10대 소년의 삶을 병행 중이다. 마일스의 부모는 자꾸 말없이 집을 나가고 무언가 숨기는 듯한 아들을 심히 걱정하고 있다. 그러던 중 차원 조종 능력을 지닌 빌런 스팟(제이슨 슈워츠먼)이 스파이더맨의 숙적을 자처하며 나타난다. 한편 전작인 <스파이더맨: 뉴 유니버스>(2018)에서 마일스와 힘을 합쳤던 스파이더 그웬(헤일리 스타인펠드)은 아버지와의 반목 이후 다른 우주의 스파이더맨들과 함께 우주를 넘나들며 악당과 싸우고 있다. 이에 그웬이 스팟을 쫓기 위해 마일스의 우주로 찾아오고 둘은 재회한다. 그리고 마일스는 다중우주를 둘러싼 위기를 겪으며 성장한다.
애니메이션의 신기원이라 평가받았던 <스파이더맨: 뉴 유니버스>보다 한층 더 커진 스케일의 속편이다. 1962년 스파이더맨 캐릭터의 첫 등장 이후 만들어진 280여명의 스파이더맨이 총출동한다. 그림체가 다른 수많은 우주와 도시, 잡지 콜라주 기법으로 만들어진 신규 캐릭터 스파이더 펑크(대니얼 컬루야) 등 시각적 재미가 탁월하다. <스파이더맨: 어크로스 더 유니버스>의 이야기는 2024년 개봉예정인 <스파이더맨: 비욘드 더 스파이더버스>에서 이어진다.
