자유로운 영혼을 지닌 파일럿 이사무(야마자키 다쿠미)는 이민 행성 에덴에서 옛 라이벌 걸드(이시즈카 운쇼)와 재회한다. 둘은 각각 통합 우주군의 최신 가변형 전투기인 YF-19와 YF-21의 테스트 파일럿이 돼 정식 파일럿 자리를 둘러싼 치열한 경쟁을 펼친다. 한편 마크로스 시티는 버추얼 아이돌 샤론 애플(효도 마코)의 인기로 들썩인다. 샤론 애플은 콘서트를 위해 에덴을 방문하고, 샤론 애플의 프로듀서인 뮹(후카미 리카)은 한때 이사무 그리고 걸드와 연정을 나눴던 여자다. 이사무와 걸드 그리고 뮹은 에덴에서 다시 한번 정삼각형의 꼭짓점에 마주 보고 선다. 세 청춘은 미련과 애증을 나누며 격렬한 공중전과 감정 싸움을 벌인다. 1982년 <초시공요새 마크로스>를 시작으로 40년 넘게 일본 리얼로봇 SF애니메이션의 걸작으로 평가받는 <마크로스>극장판이 국내 최초로 개봉한다. <마크로스 플러스 -무비 에디션->은 1994년 공개된 <마크로스 플러스>를 극장 상영판으로 재편한 영화다. 30년이 지나도 이사무와 걸드가 창공을 가르며 펼치는 몇 차례의 공중전은 실사영화의 박진감 못지않다. 또한 인간의 통제를 넘어 사고하는 인공지능과 정착할 곳을 찾지 못해 방황하는 난민의 등장 등 2020년대에도 여전히 유효한 주제가 영화 곳곳에 들어 있다.
