<엑스맨3>의 감독 매튜 본이 제작을 두달 앞두고 개인적인 이유를 들어 손을 떼겠다고 5월31일 발표했다. 영국 출신 매튜 본은 갱스터 영화<레이어 케이크>로 데뷔한 후 곧바로 할리우드의 러브콜을 받아 <엑스맨3>를 맡게 된 케이스. 신인급 감독에게 너무 부담스러운 프로젝트였다는 추측들이 도중하차의 이유로 거론되기도 했지만 영화사와 감독이 밝힌 이유는 다르다. 이십세기 폭스는 감독과의 사이에 '창작상 견해 차이'나 '수백만달러 프로젝트라는 압박'은 전혀 없었다고 주장했다. 감독직을 수락할 당시 매튜 본은 거주지인 런던과 영화 촬영지 밴쿠버를 오가면서 작업할 계획이었으나 본격적으로 제작에 들어가면 그것이 불가능하며 자신과 가족이 1년 정도 LA에 머물러야한다는 사실을 깨닫고, 영화와 가족 중 가족을 택한 것이라고.
폭스 사장 허치 파커는 “가족보다 더 중요한 것은 없다는 점에서 우리는 매튜 본의 결정을 이해한다”면서 “다행히도 우리에겐 훌륭한 시나리오가 있고 전편의 출연진들이 모두 재출연을 확답했다. 게다가 몇몇 새로운 캐릭터들도 추가할 계획이다. 이 영화에 관심이 있고 제작일정에 맞춰 헌신할 수 있는 새 감독을 조만간 영입할 것”이라고 밝혔다. 제작자 아비 아라드에 따르면, 예정대로 두달 후에 촬영에 들어가 2006년 5월말에 개봉할 계획이라고 한다.
<엑스맨>1,2편을 연출했던 브라이언 싱어는 현재 <슈퍼맨 리턴즈>를 만들고 있다. <슈퍼맨 리턴즈>도 거의 10년 가까운 준비기간동안 감독이 5명, 작가가 6명, 배우가 15명 이상 바뀌는 난항을 겪었다. 이에 비하면 <엑스맨3>의 사태는 약과인 셈이다.
