동화 속 마법 소녀가 21세기 지구에 온다면 어떤 일이 벌어질까? 마법 자매 요요(김서영)와 네네(이현진)는 미션 해결 능력 100%를 자랑하는 최고의 콤비다. 어느 날 그들에게 12년 전 사라진 쌍둥이 언니를 찾아달라는 의뢰가 들어온다. 그즈음 마을에는 정체 모를 괴물이 출몰하는가 하면 해괴한 나무가 솟아나는 등 이상한 일들이 발생한다. 요요는 사건의 원인을 파악하기 위해 나무에 뒤엉킨 건물을 살펴보던 중 우연히 다른 세계로 빨려들어간다. 현실과 닮은 그 세계에서는 휴대폰 게임의 미션을 달성한 사람들이 하나둘 괴물로 변하는 기이한 일이 벌어진다. 요요와 네네는 서로 다른 세계 속에서 소통하며 두 세계의 사건이 서로 연관되어 있음을 직감한다.
<꼬마마녀 요요와 네네>는 동명의 만화를 바탕으로 한 작품이다. 마법 소녀라는 캐릭터 설정은 <뾰로롱 꼬마마녀> <세일러 문> 등 TV 만화에서 익히 보아온 소재다. TV 만화 속 마법 소녀들은 위기의 순간 마법을 사용하는데, 이때 명목은 행복과 정의 따위로 대개 돈과는 상관없는 것이었다. 그런데 요요와 네네에게는 어딘가 엉큼한 구석이 있다. 이들의 세계에선 마법도 일종의 비즈니스다. 요요는 홍보전단을 꾸미고 특별할인을 강조하며 호객행위를 하는, 제법 셈법에 능한 소녀다. 이렇듯 <꼬마마녀 요요와 네네>는 현실 세계와 상상 세계를 대조시키기보다는 서로 닮아가는 양상에 관심을 기울인다. 마법소녀가 마법을 부리는 장면은 특별할 것이 없다. 이제 인간의 눈에 빗자루를 타고 날아다니는 것쯤은 더이상 마법 축에도 들지 못하는 것이다. 이 애니메이션은 대신 마법소녀의 눈으로 현실을 돌아보게 한다. 마법소녀는 어째서 마법으로도 살릴 수 없던 자신의 소중한 고양이를 구조요원이 살려낼 수 있는지, 뜨거운 물을 넣은 지 3분 만에 요리가 완성될 수 있는지를 신기해하며 바라본다. 우리에게 더이상 마법은 필요없는 것일까? 꼬마마녀의 질문이다