지우(이선호), 빛나(정미숙), 웅(변영희)은 포켓몬 콘테스트에 참가하기 위해 아라모스 마을에 간다. 콘테스트가 열리는 장소는 하늘 높이 우뚝 솟은 시공의 탑이다. 연결된 두개의 탑이 시간과 공간을 각각 상징한다고 하여 그렇게 불린다. 이곳 지하에서 연구하는 토니오의 증조 할아버지인 고디가 미래의 위험을 대비해 지은 건축물이다. 그런데 평화로운 마을에서 이상한 일들이 연달아 벌어지고, 알베르토 남작을 포함한 마을 사람들은 그 일들을 악몽을 꾸게 만드는 포켓몬 다크라이(임채헌)의 소행으로 여긴다. 마을 사람들이 다크라이를 쫓는 동안 시간과 공간을 각각 상징하는 전설의 포켓몬인 디아루가와 펄기아가 다른 세계에서 싸운다. 그 과정에서 디아루가의 공격을 받아 상처를 입은 펄기아가 아라모스 마을로 피하고, 디아루가는 펄기아를 쫓는다.
지난 2007년 <포켓몬스터> 애니메이션 10주년을 기념해 제작된 이 영화는 <포켓몬스터> DP의 첫 극장판이자 ‘아르세우스’ 3부작의 첫 번째 시리즈다. 중요한 의미를 가진 시리즈인 만큼 흠잡을 데가 없다. 악역 이미지에 가까웠던 다크라이가 디아루가와 펄기아, 두 전설적인 포켓몬의 싸움을 막기 위해 고군분투하는 모습이 꽤 매력적으로 그려진다. 디아루가와 펄기아가 시공간을 넘나들며 전투를 벌이는 영화의 후반부는 시리즈의 다른 작품과 비교해도 손색이 없을 만큼 화려하다. 그러면서 영화는 인간과 자연 그리고 포켓몬이 어울려 살아가야 한다고 강조한다.