원귀가 된 수홍(김동욱)은 49번째 귀인으로 지목되고, 저승 차사 강림(하정우)은 수홍이 귀인임을 증명하기 위한 재판을 시작한다. 한편 해원맥(주지훈)과 덕춘(김향기)은 염라대왕(이정재)으로부터 성주신(마동석)에게 보호를 받는 노인 허춘삼(남일우)을 저승으로 데려오라는 명을 받는다. 성주신은 어린 현동(정지훈)의 유일한 보호자인 허춘삼 할아버지를 저승 차사들에게 내놓을 마음이 없다. 그 과정에서 해원맥과 덕춘은 성주신에게 자신들의 천년 전 과거에 대해 듣게 된다. 천년 전 해원맥은 고려시대 최고의 무사였고, 덕춘은 해원맥의 도움을 받는 여진족의 고아 소녀였다. 그리고 이 둘의 과거는 강림의 과거와도 연결된다.
1편 <신과 함께-죄와 벌>은 영화의 세계관, 저승이라는 공간적 배경과 캐릭터를 설명하는 데 많은 시간을 할애했다. 그 과정에서 저승 삼차사는 기능적 캐릭터로 전락한 측면이 있었다. 2편 <신과 함께-인과 연>에선 저승 삼차사의 전사가 밝혀지면서 드라마가 풍성해진다. 얽히고설킨 인연의 퍼즐이 하나씩 맞춰지는 과정에서 오는 이야기 본연의 재미, 풍성해진 드라마 속에서 마음껏 개성을 발산하는 배우들의 연기를 보는 재미가 2편을 채운다. 1편의 신파에 기꺼이 공감하고 눈물 흘린 관객이라면 2편의 온도가 미지근하게 느껴질지도 모르지만 감정적, 시각적 과잉을 덜어낸 2편의 매력도 그 자체로 충분하다.
